在第三季中，人类与“核心改造者”之间的战争全面爆发。元星满目疮痍，曾经的主角瑞被证实为基因链存在缺陷的“失败品”，他的纳米核心随时可能崩坏，让他成为行尸走肉。他不仅要躲避人类联军的追捕，还要提防那些想要提取他核心数据、比自己完美得多的改造者同胞。在逃亡中，瑞发现了一处废弃的核心科研站，里面记录着纳米核心真正的诞生目的，并非为了进化，而是为了制造一种终极兵器。当战争的结局已经注定是两败俱伤时，瑞这个“残次品”，却找到了第三条路。
国产科幻动画的标杆之作。第三季将世界观全面展开，格局宏大，机甲战斗场面燃到极致。剧情毫不低幼，充满了对进化论和人性的探讨。主角瑞的成长线非常扎实，从迷茫到觉醒的过程令人热血沸腾。
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